I Men in Black 3 reser agent J [Will Smith] och agent K [Tommy Lee Jones] tillbaka i tiden. Agent J har varit med om en hel del under sina 15 år med Men in Black, men inget, inte ens utomjordingar, krånglar till det lika mycket för honom som hans partner. Men när K:s liv och planetens framtid står på spel måste J resa tillbaka i tiden för att ställa allt till rätta. J upptäcker att universum döljer hemligheter som K aldrig har berättat för honom – hemligheter som avslöjas när han får hjälp av en ung agent K [Josh Brolin] för att rädda sin partner, byrån och mänsklighetens framtid.